以重点学科建设为主体，强化学科建设的龙头地位，集中力量和资源，支持优势与特色学科，扶持新兴学科，保持学科特色和办学后劲。中药分析学被评为国家中医药管理局重点学科（全国获批六个，辽宁省仅此一个），药学和中药学一级学科入选辽宁省高等学校一流特色学科。累计获得中央和省级学科建设经费直接投入9099万元，远超“十二五”前历年经费投入总和。主办或承办国内外高端学术会议21项，其中获辽宁省教育厅立项资助12项，资助数量和金额在全省高校中名列前茅。
在全国第三轮学科评估中，我校药学一级学科排名第四，是全国排名前八高校中唯一的省属高校，也是辽宁省属高校学科排名最高的学校；中药学一级学科位于全国并列第四档（第九名）；两个学科在辽宁省均排名第一。在USNEWS最新全球大学专业排名中，我校药理学与毒理学科进入世界前100强，排名世界第60位，国内排名第4位。ESI最新数据显示，药理学与毒理学科排名世界前0.14%，学科发表SCI论文数世界排名第29位，国内排名第3位；化学学科排名世界前0.77%，发表SCI论文数排名世界前0.28%。
新增中药学博士后流动站1个、工程硕士（食品工程领域）专业学位硕士授权点1个，以原有二级学科学位授权点为基础增列了化学、化学工程与技术、生物学、工商管理、中西医结合等5个一级学科，自主备案设置了生物信息学、功能食品学、环境化工、生物医药检验学、生物医药材料学和环境化学等6个二级学科，学位点建设取得突破，学位点授权体系进一步完善。现有药学博士后流动站2个、一级学科博士学位授权点2个、二级学科博士学位授权点19个、一级学科硕士学位授权点7个、二级学科硕士学位授权点52个、硕士专业学位授权点4个，已经形成了横跨医学、理学、工学、管理学四个学科门类、七个一级学科的研究生学位培养体系。
坚持“以药学类专业群建设为主线、带动相关专业协调发展”的建设思路，深化专业综合改革，强化专业内涵建设，稳步拓宽专业布局，持续优化专业结构，推动了专业内涵和外延的双向发展。依托我校“基础药学国家理科基地”、“生物制药国家生命基地”、药学、药物制剂、制药工程、生物工程、中药学等传统优势专业，针对性地开展“专业综合改革”、“工程人才培养模式改革”、“创新创业教育改革”、“课程体系国际化改革”等各项改革，不断巩固传统专业的办学优势，凝练办学特色，强化专业内涵。根据对医药及相关行业发展趋势的前瞻性认识，增设生物医学工程、药物分析、生物制药、葡萄与葡萄酒工程、药物化学、中药制药6个本科专业，使本科专业数由“十一五”期间的15个增至21个，增长比例达40%，进一步拓宽了药学类专业布局，延伸了药学教育范畴。
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