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深入贯彻“以应用基础研究与技术研究为主兼顾基础研究”的科技发展方针，秉承“依靠专家、坚持创新、深入基层、加强服务”为核心的科研管理理念，全面推动推进“科技创新”、“成果孵化”与“成果转化”三大体系建设，深化科研内涵发展。

建立与完善以辽宁省国家重大新药创制综合平台为核心，以各级各类重点实验室、工程技术研究中心为支撑、以重大科研项目为载体的新药临床前研发体系。新增10个省级以上重点实验室、工程中心，现有国家级科研平台1个、省级以上重点实验室和工程中心45个。其中，辽宁省国家重大新药创制综合平台继2012年以全国第五位的成绩顺利通过“十一五”结题验收后，再次获得“十二五”国家科技重大专项滚动支持，确保了学校在国内新药研发领域“国家队”地位。学校化合物与微生物资源库入选国家化合物样品库卫星库，增强了学校新药研发的物质基础条件。

建立与完善以大学科技园、本溪药物研究院为主体，以工程化、产业化技术研究和技术服务为核心，以中国药都的企业为主要合作伙伴，以市场化方式运营为纽带的科技成果孵化体系。获批筹建省级大学科技园，国家化合物样品库卫星库作为首批重点项目已纳入建设。

本溪药物研究院人员规范不断扩大、科研工作不断深入。现有师生100余名，其中海外引进人才7名，共承担国家科技重大专项1项、辽宁省科技计划项目14项、本溪市市本级项目3项，纵向科研经费到款总计2300余万元。与中国药都企业签订技术贸易合同10余份，合同成交额300余万元。

建立与完善以国家创新药物产学研战略联盟、辽宁省生物医药产业共性技术平台为核心，以国内外大中型制药企业为主体，以互利共赢为目标的科技成果转化体系。“十一五”期间，学校积极与国内大型制药企业建立战略合作关系，“创新药物产学研战略联盟”成员单位已由成立设之初的18家增至35家，通过开展校企互访、主动征集企业需求、组织召开联盟会议等，提升了学校在全国范围成果辐射效应和科技服务能力。辽宁省生物医药产业共性技术创新平台由我校牵头，联合中国医科大学等省内核心医药类科研机构共同建设，通过深化与省内制药企业的科研合作关系，学校服务区域经济发展能力不断提升。

“十二五”期间，科研经费总到款2.75亿元，较“十一五”增长8%。其中纵向科研经费到款合计1.87亿元、较“十一五”增长7%，横向到款额总计8763万元、较“十一五”增长9%，纵横向年均分别增长31%和5%。共主持承担国家级课题147项，较“十一五”增长41%。“十二五”以来国家级课题资助额1.45亿元，较“十一五”增长2%。

共获得各级各类科技奖励189项，较“十一五”增长8%，是“十五”的3.63倍。共发表SCI收载论文1507篇，较“十一五”降低10%。共申请发明专利385项，较“十一五”增长5%。共授权发明专利305项，是“十一五”的3.63倍。受国家新药审批政策调整影响，“十一五”以来，学校获新药证书和临床批件数明显减少，“十二五”以来，获得1项临床批件。